COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 7.271046 7.271046 7.954763
2021-05-19 17:00:00 6.389102 8.223659 7.988917
2021-05-18 17:00:00 5.691421 8.052599 7.995886
2021-05-17 17:00:00 8.380634 8.380634 8.154556
2021-05-16 17:00:00 8.282107 8.282107 8.265239
2021-05-15 17:00:00 6.963514 6.963514 8.369864
2021-05-14 17:00:00 8.223659 8.223659 8.509737

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 5.865658 5.865658 5.692559
2021-05-19 17:00:00 6.159110 6.159110 6.077333
2021-05-18 17:00:00 2.709360 2.709360 6.173584
2021-05-17 17:00:00 7.518797 1.504891 6.174228
2021-05-16 17:00:00 7.272727 7.272727 6.374962
2021-05-15 17:00:00 7.655502 7.655502 6.382821
2021-05-14 17:00:00 10.191083 10.191083 6.678377

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 12.240185 12.240185 13.799966
2021-05-19 17:00:00 13.163065 13.163065 14.332750
2021-05-18 17:00:00 14.482759 14.482759 14.471915
2021-05-17 17:00:00 11.805556 3.079710 14.782120
2021-05-16 17:00:00 20.489978 20.489978 15.106278
2021-05-15 17:00:00 16.879433 16.879433 15.362736
2021-05-14 17:00:00 17.812500 17.812500 15.713076

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 11.998175 11.998175 8.723695
2021-05-19 17:00:00 7.658717 7.658717 8.777741
2021-05-18 17:00:00 4.011887 8.636701 8.759574
2021-05-17 17:00:00 5.981466 8.345534 8.604506
2021-05-16 17:00:00 9.061489 9.061489 8.654485
2021-05-15 17:00:00 6.276423 6.276423 8.776212
2021-05-14 17:00:00 8.408109 8.408109 8.793760

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 8.745452 8.745452 7.811281
2021-05-19 17:00:00 5.835788 5.835788 7.802634
2021-05-18 17:00:00 6.250653 6.250653 7.901988
2021-05-17 17:00:00 13.310745 13.310745 7.842873
2021-05-16 17:00:00 10.668679 10.668679 7.862976
2021-05-15 17:00:00 6.106377 6.106377 7.848703
2021-05-14 17:00:00 8.909786 8.909786 7.905971

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 18.627057 18.627057 15.193506
2021-05-19 17:00:00 11.322057 11.322057 15.483070
2021-05-18 17:00:00 11.293074 11.293074 15.795204
2021-05-17 17:00:00 20.176991 12.694878 16.283243
2021-05-16 17:00:00 16.778025 16.778025 16.848254
2021-05-15 17:00:00 15.264977 15.264977 17.493555
2021-05-14 17:00:00 8.820234 19.042682 18.126318

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 3.261734 3.261734 3.293532
2021-05-19 17:00:00 3.036876 3.036876 3.383666
2021-05-18 17:00:00 3.120357 3.120357 3.484445
2021-05-17 17:00:00 3.149606 3.149606 3.600321
2021-05-16 17:00:00 2.884615 2.884615 3.710619
2021-05-15 17:00:00 3.296171 3.296171 3.830081
2021-05-14 17:00:00 2.810304 2.810304 3.932646

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 3.884171 3.884171 3.889113
2021-05-19 17:00:00 2.917971 2.917971 3.924001
2021-05-18 17:00:00 2.560706 4.407653 3.955793
2021-05-17 17:00:00 6.158730 4.074001 3.997025
2021-05-16 17:00:00 5.275670 3.789695 4.073927
2021-05-15 17:00:00 3.896593 3.896593 4.175538
2021-05-14 17:00:00 4.523321 4.523321 4.310934

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 5.433186 5.433186 4.575764
2021-05-19 17:00:00 4.624592 4.624592 4.749775
2021-05-18 17:00:00 4.145078 4.145078 4.889148
2021-05-17 17:00:00 4.545455 2.574457 4.885768
2021-05-16 17:00:00 5.759539 4.032258 5.050071
2021-05-15 17:00:00 4.787759 4.787759 5.323064
2021-05-14 17:00:00 6.715328 6.715328 5.508223

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 6.853434 6.853434 6.350436
2021-05-19 17:00:00 6.017358 6.017358 6.484254
2021-05-18 17:00:00 4.999582 4.999582 6.547599
2021-05-17 17:00:00 7.513357 4.612231 6.484145
2021-05-16 17:00:00 6.343135 6.343135 6.631984
2021-05-15 17:00:00 7.172602 7.172602 6.799474
2021-05-14 17:00:00 7.755566 7.755566 7.036594

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 9.884527 9.884527 7.560288
2021-05-19 17:00:00 6.243996 6.243996 7.690960
2021-05-18 17:00:00 6.233062 6.233062 7.695944
2021-05-17 17:00:00 8.534622 2.472015 7.870980
2021-05-16 17:00:00 11.609071 11.609071 8.122763
2021-05-15 17:00:00 6.949627 6.949627 8.310033
2021-05-14 17:00:00 10.003970 10.003970 8.627155

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 1.271186 1.271186 1.580712
2021-05-19 17:00:00 1.732283 1.732283 1.824824
2021-05-18 17:00:00 0.748130 0.748130 1.880022
2021-05-17 17:00:00 0.574713 0.211864 1.878279
2021-05-16 17:00:00 2.513465 2.513465 1.979735
2021-05-15 17:00:00 1.559454 1.559454 2.195945
2021-05-14 17:00:00 2.483444 2.483444 2.413047

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 8.558559 8.558559 9.375045
2021-05-19 17:00:00 11.146497 11.146497 9.628288
2021-05-18 17:00:00 9.615385 9.615385 9.324077
2021-05-17 17:00:00 1.276596 25.957447 9.516841
2021-05-16 17:00:00 4.806935 4.806935 9.674732
2021-05-15 17:00:00 21.722846 21.722846 9.504326
2021-05-14 17:00:00 9.878214 9.878214 9.378910

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 5.106888 5.106888 5.566546
2021-05-19 17:00:00 6.990521 6.990521 5.688532
2021-05-18 17:00:00 4.986150 4.986150 5.805431
2021-05-17 17:00:00 10.489510 5.225653 5.905556
2021-05-16 17:00:00 10.964333 6.274769 6.099149
2021-05-15 17:00:00 4.203324 4.203324 6.246057
2021-05-14 17:00:00 5.889145 5.889145 6.577794

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 7.928532 7.928532 8.665760
2021-05-19 17:00:00 9.170228 9.170228 8.974989
2021-05-18 17:00:00 7.557938 7.557938 9.070581
2021-05-17 17:00:00 8.459338 8.225863 8.990881
2021-05-16 17:00:00 10.231023 10.231023 9.078253
2021-05-15 17:00:00 7.175433 7.175433 9.174052
2021-05-14 17:00:00 10.369467 10.369467 9.404874

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 21.012520 21.012520 20.529880
2021-05-19 17:00:00 23.044172 23.044172 20.733902
2021-05-18 17:00:00 13.218577 13.218577 20.919178
2021-05-17 17:00:00 9.951956 9.951956 21.182715
2021-05-16 17:00:00 34.382979 34.382979 22.061680
2021-05-15 17:00:00 23.209169 23.209169 23.194687
2021-05-14 17:00:00 25.886991 25.886991 23.693231

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 2.317554 2.317554 2.606359
2021-05-19 17:00:00 2.740270 2.740270 2.724736
2021-05-18 17:00:00 3.242956 3.242956 2.821239
2021-05-17 17:00:00 3.833333 1.079812 2.877229
2021-05-16 17:00:00 2.669903 2.669903 2.930229
2021-05-15 17:00:00 2.558228 2.558228 3.117672
2021-05-14 17:00:00 4.114713 4.114713 3.336159

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 5.616126 5.616126 6.691445
2021-05-19 17:00:00 7.826087 7.826087 6.804172
2021-05-18 17:00:00 5.415020 5.415020 7.115919
2021-05-17 17:00:00 5.506446 7.549407 7.270666
2021-05-16 17:00:00 7.331644 5.337727 7.440760
2021-05-15 17:00:00 7.202897 7.202897 7.686178
2021-05-14 17:00:00 7.832149 7.832149 7.834816

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 6.859737 6.859737 5.981983
2021-05-19 17:00:00 5.160412 5.160412 6.052710
2021-05-18 17:00:00 4.663462 4.663462 6.053516
2021-05-17 17:00:00 9.997383 5.145474 6.088627
2021-05-16 17:00:00 6.176004 6.176004 6.277166
2021-05-15 17:00:00 6.218338 6.218338 6.396776
2021-05-14 17:00:00 6.683512 6.683512 6.528216

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 7.246377 7.246377 9.164093
2021-05-19 17:00:00 6.518724 6.518724 9.276198
2021-05-18 17:00:00 8.984375 8.984375 9.708015
2021-05-17 17:00:00 8.196721 8.663730 10.074964
2021-05-16 17:00:00 10.460993 10.460993 10.597785
2021-05-15 17:00:00 8.000000 8.000000 10.944856
2021-05-14 17:00:00 10.719530 10.719530 11.314198

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 12.587413 12.587413 12.600524
2021-05-19 17:00:00 11.979167 11.979167 12.910769
2021-05-18 17:00:00 3.103448 5.341246 12.886040
2021-05-17 17:00:00 11.688312 25.974026 13.416612
2021-05-16 17:00:00 9.569378 9.569378 13.046145
2021-05-15 17:00:00 6.289308 6.289308 13.328507
2021-05-14 17:00:00 24.157303 24.157303 13.939415

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-20 17:00:00 10.180681 10.180681 10.265680
2021-05-19 17:00:00 10.649185 10.649185 10.537684
2021-05-18 17:00:00 10.457963 10.457963 10.781619
2021-05-17 17:00:00 10.176471 5.743692 10.898598
2021-05-16 17:00:00 10.799220 10.799220 11.234064
2021-05-15 17:00:00 10.537634 10.537634 11.530685
2021-05-14 17:00:00 15.039841 15.039841 11.749824

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.865658 5.865658 5.692559
Basilicata 12.240185 12.240185 13.799966
Calabria 11.998175 11.998175 8.723695
Campania 8.745452 8.745452 7.811281
Emilia-Romagna 18.627057 18.627057 15.193506
Friuli Venezia Giulia 3.261734 3.261734 3.293532
Lazio 3.884171 3.884171 3.889113
Liguria 5.433186 5.433186 4.575764
Lombardia 6.853434 6.853434 6.350436
Marche 9.884527 9.884527 7.560288
Molise 1.271186 1.271186 1.580712
P.A. Bolzano 8.558559 8.558559 9.375045
P.A. Trento 5.106888 5.106888 5.566546
Piemonte 7.928532 7.928532 8.665760
Puglia 21.012520 21.012520 20.529880
Sardegna 2.317554 2.317554 2.606359
Sicilia 5.616126 5.616126 6.691445
Toscana 6.859737 6.859737 5.981983
Umbria 7.246377 7.246377 9.164093
Valle d'Aosta 12.587413 12.587413 12.600524
Veneto 10.180681 10.180681 10.265680

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Thu May 20 18:10:54 2021 revision 298, cd0c1abc